تضم الأراضي اليابانية أربع جزر كبيرة وهي هوكايدو، وهونشو، وشيكوكو، وكيوشو، وجزرًا
أخرى صغيرة.

تقع الأراضي اليابانية في منطقة تُدعى شمال شرق آسيا أو شرق آسيا، وتمتد إلى شرق القارة الأوراسية. يُحيط بها المحيط الهادي وبحر أوخوتسك وبحر اليابان وبحر الصين الشرقي.

أقصى نقطة شرقية لليابان هي جزيرة مينامي-توري شيما (على خط طول 153°59’12” شرقًا)، وأقصى نقطة غريبة لها هي جزيرة يوناغونيجيما (على خط طول122°55’57” شرقًا)، وأقصى نقطة جنوبية لها هي جزيرة أوكي-نو-توري شيما (على خط عرض 20°25’31” شمالاً)، وأقصى نقطة شمالية لها هي جزيرة إيتوروفو (على خط عرض45°33’26” شمالاً).

يبلغ إجمالي مساحة الأراضي اليابانية حوالي 378,000 كيلومتر مربع. حيث إن جزيرة هونشو هي الأكبر، بمساحة تبلغ 228,000 كيلومتر مربع تقريبًا، وتُعد هذه الجزيرة سابع أكبر جزيرة في العالم.